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尽管一些地方推出免费婚检、“一站式”服务以及个别省份恢复强制婚检，直到2011年，全国平均婚检率仍只有41%。
同时，我国出生缺陷率则上升明显。全国妇幼卫生监测数据显示，2003年出生缺陷率为129.8／万，2006年是145.5／万，2011年则升为153.23／万。
取消强制婚检是出生缺陷率升高的“罪魁祸首”？北京大学生育健康研究所所长、卫生部生育健康重点实验室主任任爱国表示，目前没有研究数据支持这一结论，出生缺陷率走高，一方面是监测能力提高，发现增多，漏报减少；另外还有高龄产妇增多等多重因素。
“但婚检率下降不利于出生缺陷的预防毫无疑问。”任爱国悦，婚检不仅仅是医学检查，还包括婚前健康教育、婚育咨询指导等，婚检率下降导致这些工作无法开展，出生缺陷一级预防明显被削弱。
孕妇叶酸缺乏可能导致以神经管畸形为主的多种出生缺陷增多。北大生育健康所的一项地区调查显示，《婚姻登记条例》实施前，80%以上的妇女从卫生保健机构获得叶酸知识，取消强制婚检后，这一比例不足30%，孕早期妇女对叶酸的知晓率和服用率均降低20%左右。任爱国悦：“孕妇叶酸服用率的降低，神经管畸形及与叶酸缺乏相关的其他出生缺陷如唇腭裂、先心病等有可能不同程度升高。”针对这一状况，我国从2009年开始，为打算生育的农村户籍妇女免费提供叶酸增补剂。
调查还表明，取消强制婚检后，妇女怀孕前及孕早期服用禁用药物、接触放射线、饮酒等有各种妊娠危险因素的比例均较之前增长一倍，不良妊娠结局发生率也随之上升。