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老师在与学生一起对其恐惧行为进行评估以后，就可以开始执行系统脱敏的具体步骤。从原则上说，系统脱敏的干预必须在目标行为的现场进行。但是，针对有些学生恐惧症特别严重的情况，老师也可以在现场操作之前在一个较有安全感的环境中，通过与学生语言交谈和为学生放映有关视频的方法对学生进行初步的接触与脱敏。然后，老师帮助学生进入目标行为的现场做系统脱敏。美国学者在总结以往研究的基础上，把系统脱敏的过程概括为以下几个主要的步骤。
第一，评估的结果就是干预的起点。
例如，一位学生在《害怕程度观察评估表》中的第4步（“老师告诉学生现在到医务室去进行体格检查，并将学生引领到没有医务人员在场的医务室”）表现出比较害怕的恐惧行为，则系统脱敏就要在其前的第3步（“老师告诉学生现在到医务室去进行体格检查，并将学生引领到教室外的走廊”）开始。
第二，系统脱敏必须由易到难。
从比较容易的一步过渡到比较困难的下一步，必须是有所控制和相对缓慢的。例如，老师要根据学生的具体情况与学生的沟通，从而决定他在每一步骤上接触害怕对象的时间长度和重复次数。有时学生在一个步骤上需要重复接触害怕对象许多次数，直到他感到枯燥厌倦了才算是被“脱敏”了。
第三，老师要在系统脱敏的整个过程中随时评估学生的恐惧程度。
如果学生有一定认知能力和语言能力的话，老师可以让学生报告当时他在某一具体步骤上是“非常放松”、“比较放松”、“中间状态”、“比较害怕”还是“非常害怕”的具体感觉。如果学生没有相应的认知能力和语言能力，老师就以上述《害怕程度评估表》对学生进行观察评估。不论是主观报告还是老师观察，如果学生在一定阶段的害怕程度处于“4”（比较害怕）或者“5”（非常害怕），这就表明学生还得停留在这一阶段重复脱敏，而不应该贸然进一步地更加接近所怕对象。
第四，随着学生在某一步骤上的害怕程度逐渐降低而放松程度逐渐提高。
老师一方面要对学生进行鼓励和强化，然后要求他向下一步骤挑战。必须强调的是，老师用以奖励学生的强化物，应该对学生具有极强的吸引力。有时，老师可以事先与学生沟通，以了解学生喜欢之物。老师还可以适当限制学生在平时对这种强化物的接触，使得学生在系统脱敏的过程中有更强的动力因来克服害怕而得到奖励。
第五，在系统脱敏的过程中，除非学生的安全受到威胁，老师不要轻易地鼓励学生的逃避行为。
老师一般都有关心爱护学生的特点，不愿看到学生受到委屈。但是对学生在系统脱敏的过程中有可能表现出来的逃避行为，老师要能够从学生的长远进步考虑而加以制止。
第六，老师如果觉察到学生有认知误区，就应引导学生认识和克服不当的思维方法。
例如，如果学生过分地夸张害怕对象的危险性或者过低地估计自己的承受能力，老师可以引导学生用自己已经取得的进步作为事实挑战与超越原来的想法。